高中一年级学生夜科扬羽，某天捡到了被遗弃在公共电话亭里的红色电话卡。 几天后，持有相同电话卡的青梅竹马兼同学雨宫樱子失去了踪影。 为了寻找她，扬羽联系了传闻中在全国范围内制造连续神隐失踪事件的黑幕秘密结社PSYREN。 随后，一场赌上性命的游戏开始了
