30年前，未知的侵略性外来生物突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为侵略种的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构EXCEEDS为了抵御侵略种带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国瑞穗。一位在离岛上生活、以驱除侵略种为业的猎人少女久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是？